行動計劃提出，到2020年，在農村生活垃圾污水治理方面，東部地區、中西部城市近郊區等有基礎、有條件的地區，要基本實現農村生活垃圾處置體系全覆蓋，中西部有較好基礎、基本具備條件的地區，力爭實現90%左右的村莊生活垃圾得到治理；在養殖業污染治理方面，全國畜禽糞污綜合利用率達到75%以上；在種植業污染防控方面，要持續推進化肥、農藥減量增效，全國主要農作物化肥、農藥使用量實現負增長，化肥、農藥利用率均達到40%以上。
下一步，農業面源污染防治要著力推進水產污染防治和水生態保護，要推進以長江為重點的水生生物保護，在長江流域水生生物保護區實行全面禁捕，逐步實現長江干流和重要支流全面禁捕，在通江湖泊和其他重要水域實行限額捕撈制度，修復沿江近海漁業生態環境。